Přestože v roce 2008 Fukuyama podpořil Baracka Obamu v souboji o post amerického prezidenta s republikánem Johnem McCainem, dnes se na jeho zahraniční politiku dívá kriticky. „Nemá v ní zdravé instinkty,“ řekl hlavně o druhém Obamově prezidentském období Fukuyama. Pochválil Obamovu reformu zdravotního pojištění, ale domnívá se, že na Ukrajině měl být mnohem ráznější. Rozhovor s Fukuyamou pro ParlamentníListy.cz vedl Tomáš Klvaňa, jenž přednáší na New York University v Praze. Mluvilo se i o prezidentu Zemanovi.